La cuenca del Río Jejui es la segunda mayor en superficie de la Región oriental del país; cubre un area aproximada de 22.500 Km2, abarcando los departamentos de San Pedro, Amambay, Canindeyu.

Gran parte de la cuenca del Jejui, forma parte del área de recarga del Acuífero Guaraní. La cuenca del Jejui se encuentra actualmente en gran medida degradada, a causa de diversos procesos, como la transformación de ecosistemas para agricultura empresarial, la contaminación por uso de agrotóxicos, la contaminación por residuos municipales e industriales, ocupación de las márgenes. También se encuentra amenazada por Mega-proyectos de infraestructura, como la Hidrovía Paraguay Paraná y la construcción de corredores viales de exportación.

El principal bioma que cubría toda el área de recarga del acuífero guaraní en la cuenca del Jejui era el bosque atlántico o paranaense. Destruidos los ecosistemas, la recarga del acuífero disminuyó y el agua que se infiltra hasta él llega contaminada.

La restauración del río Jejui requiere acciones para reordenar el uso del territorio en su cuenca, para encarar procesos de restauración, conservación y gestión sustentable de los territorios que producen el agua. Para ello, desde el año 2003 se vienen reuniendo los municipios y gobernaciones que forman parte de la cuenca, además de varias organizaciones de la sociedad civil, encabezadas por SOBREVIVENCIA, en la iniciativa de Restauración de la Cuenca del Jejui.