Los Observatorios de la Biodiversidad de SOBREVIVENCIA son unidades, localizadas en sitios clave de gran valor para la diversidad biológica y cultural a nivel nacional y regional, dedicadas a  fomentar la investigación para el desarrollo de conocimiento sobre los ecosistemas del bioma en que están instalados; las estrategias para su conservación y su gestión sustentable, así como la construcción y el intercambio de capacidades sobre estos temas y la difusión de su importancia, con la participación de las comunidades locales, estudiantes y profesionales.  

El primero de estos observatorios en instalarse ha sido el Centro de Conservación de la Biodiversidad de la Selva Central del Paraguay, Observatorio de la Biodiversidad del Bosque Yvyraty, adyacente a la Granja-Escuela del Bosque Arairape, ubicado en los municipios de Escobar y Sapucai, en el Paraguay Central, con 300 hectáreas de bosque primario remanente del bioma de la Selva Central del Paraguay. Además de proveer conocimientos y capacidad para el desarrollo y la implementación de planes de manejo sustentable de la región y sus ecosistemas, el Bosque Yvyraty asegura la provisión de agua de más de 5.000 personas de las comunidades que lo rodean.  

En el Gran Pantanal del Alto Paraguay, está en proceso de implementación el “Faro Pantanero”, en una antigua escuela rural, cuyo predio está rodeado de los valiosos ecosistemas de esa región, habitados por comunidades campesinas  e indígenas y a distancia relativamente corta de las comunidades urbanas, indígenas y de pescadores ubicadas sobre el río Paraguay. SOBREVIVENCIA se propone transformar este observatorio en un centro para la investigación, construcción e intercambio de capacidades y difusión acerca de la importancia de los ecosistemas de la zona norte del Valle Central de la Cuenca del Plata, especialmente el Gran Pantanal del Alto Paraguay.

El Observatorio de la Biodiversidad de los Humedales del Sur, se está estableciendo en una propiedad de unas 6.000 hectáreas, situada en el sistema de humedales del Ñeembucu, en uno de los paleocauces del Delta Continental del Rio Parana sobre el Valle Central de la Cuenca del Plata (confluencia con el Paraguay), área de gran riqueza en biodiversidad y parte del Sistema de Humedales Paraguay-Paraná.